基于液滴的數(shù)字PCR與定量培養(yǎng)技術(shù)相結(jié)合,為微生物學(xué)提供了定量的強(qiáng)大工具。在微生物生態(tài)學(xué)、環(huán)境監(jiān)測和臨床診斷中,精確測定樣品中特定微生物的活菌濃度至關(guān)重要。傳統(tǒng)的菌落形成單位計數(shù)法不僅耗時長達(dá)數(shù)天,且精度有限,尤其對于生長緩慢或需求苛刻的微生物。液滴培養(yǎng)系統(tǒng)將樣品進(jìn)行系列稀釋后,與營養(yǎng)培養(yǎng)基混合并生成大量微滴。根據(jù)泊松分布原理,經(jīng)過適當(dāng)稀釋,大部分液滴中不含任何細(xì)胞,少部分液滴含有一個細(xì)胞,極少數(shù)含有多個細(xì)胞。將整個液滴陣列在適宜條件下培養(yǎng)后,通過統(tǒng)計出現(xiàn)生長的液滴比例,即可反向計算出原始樣品中的活菌濃度。這種方法被稱為微滴數(shù)字培養(yǎng),其靈敏度極高,甚至能夠檢測出樣品中極其稀有的目標(biāo)微生物。更重要的是,該系統(tǒng)可以與熒光探針相結(jié)合,在培養(yǎng)結(jié)束后對液滴進(jìn)行基于數(shù)字PCR原理的檢測:對每個液滴進(jìn)行終點熒光信號讀取,只有那些含有目標(biāo)微生物且其增殖達(dá)到一定程度的液滴才會被判定為“陽性”。這種將生長表型與特異性核酸檢測相結(jié)合的“表型-PCR”雙確認(rèn)模式,極大地提高了定量的準(zhǔn)確性和特異性,特別適用于在復(fù)雜背景菌群中量化某一特定病原菌或功能菌株的豐度。 液滴培養(yǎng)技術(shù)可耦合質(zhì)譜分析,直接對微滴內(nèi)細(xì)胞產(chǎn)物的化學(xué)組成進(jìn)行鑒定。原位培養(yǎng)液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)市場價

土壤環(huán)境中蘊(yùn)藏著極為豐富的微生物資源,其多樣性遠(yuǎn)超其他生境,是環(huán)境資源挖掘的主要目標(biāo)。液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)為解鎖這一“黑色寶箱”提供了工具。傳統(tǒng)培養(yǎng)方法難以模擬土壤微環(huán)境的復(fù)雜性,導(dǎo)致絕大多數(shù)土壤微生物處于“微生物暗物質(zhì)”狀態(tài)。而液滴微流控技術(shù)能夠?qū)蝹€土壤微生物細(xì)胞與微升級別的、成分可控的培養(yǎng)介質(zhì)共同包裹在皮升至納升尺度的液滴中,形成數(shù)以百萬計的超高通量培養(yǎng)單元。這些單元在物理上是隔離的,但通過調(diào)控液滴內(nèi)的微環(huán)境,可以高度模擬土壤顆粒孔隙中的原生條件,例如特定的水分活度、氧氣梯度、pH波動以及營養(yǎng)濃度。研究人員可以設(shè)計包含不同碳源、氮源、微量元素甚至植物根系分泌物的培養(yǎng)基組合,來靶向性地復(fù)蘇那些具有特定代謝功能的稀有物種。例如,針對難降解有機(jī)物(如多環(huán)芳烴)的降解菌,可以在液滴中添加該物質(zhì)作為碳源,只有能夠利用它的微生物才會生長繁殖,進(jìn)而通過熒光液滴分選技術(shù)將其高效分離。這種基于液滴的微型化培養(yǎng),不僅極大地降低了試劑消耗,更重要的是通過創(chuàng)造海量的、多樣化的微生境,突破了微生物生長的“瓶頸”,使得過去那些在標(biāo)準(zhǔn)實驗室條件下無法生長的土壤微生物得以復(fù)蘇和擴(kuò)增。 陜西液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)費用在海洋微生物學(xué)中,該技術(shù)助力開發(fā)了模擬深海條件的原位培養(yǎng)新策略。

對于組織樣本等具有復(fù)雜空間結(jié)構(gòu)的生物學(xué)材料,液滴培養(yǎng)組學(xué)技術(shù)可以輔助進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的樣本預(yù)處理與條形碼標(biāo)記。通過將組織消化后獲得的單細(xì)胞或細(xì)胞核懸液與帶有對應(yīng)空間位置編碼序列的微珠共同封裝在液滴中,在液滴內(nèi)完成mRNA的捕獲并被打上位置標(biāo)簽,從而在后續(xù)的單細(xì)胞測序中保留細(xì)胞原始的空間位置信息。雖然這只是液滴技術(shù)作為分子生物學(xué)工具的一個應(yīng)用側(cè)面,但它深刻體現(xiàn)了該技術(shù)在整合細(xì)胞表型與空間位置等多維度信息方面的靈活性與強(qiáng)大潛力。
微生物代謝工程領(lǐng)域因液滴培養(yǎng)篩選系統(tǒng)的應(yīng)用而加速發(fā)展。傳統(tǒng)代謝工程中,評估工程菌株的性能通常需要經(jīng)過繁冗的搖瓶培養(yǎng)或微孔板檢測,通量有限且成本高昂。液滴微流控技術(shù)能夠?qū)蝹€工程菌株封裝在液滴中,并添加特定的底物或指示劑,通過監(jiān)測液滴內(nèi)代謝產(chǎn)物的積累或熒光信號的變化,快速評估數(shù)千個工程菌株的生產(chǎn)性能。例如,在生物燃料生產(chǎn)中,可以基于液滴內(nèi)脂質(zhì)積累量進(jìn)行高通量篩選;在酶制劑開發(fā)中,可通過熒光底物檢測酶活性。更重要的是,液滴系統(tǒng)允許實施多輪遞進(jìn)式篩選策略,通過多參數(shù)排序和液滴融合等技術(shù),逐步富集性能優(yōu)異的突變體。這種基于液滴的篩選策略不僅大幅提高了篩選通量,降低了試劑消耗,還能夠檢測到傳統(tǒng)方法可能遺漏的稀有高性能變種,加速了細(xì)胞工廠的構(gòu)建進(jìn)程。通過導(dǎo)入報告基因,系統(tǒng)可篩選對特定信號分子產(chǎn)生響應(yīng)的基因回路。

該系統(tǒng)徹底改變了傳統(tǒng)微生物培養(yǎng)的局限,通過單細(xì)胞封裝技術(shù)有效消除種間競爭與生長速率差異的干擾,成為稀有及難培養(yǎng)微生物分離的關(guān)鍵工具。在土壤微生物分離實驗中,利用天木生物 MISS cell 系統(tǒng)對 60882 個液滴進(jìn)行培養(yǎng)分選,成功獲得 5628 個帶菌液滴,鑒定出 86 種微生物,較傳統(tǒng)平板培養(yǎng)的 73 種高出 17.8%,其中包含布魯氏菌、缺陷短波單胞菌等 50 多種平板無法培養(yǎng)的菌株。微流控平板劃線(MSP)技術(shù)進(jìn)一步提升了分離效率,其生成的液滴陣列不僅支持顯微鏡實時觀察,還能將培養(yǎng)時間從傳統(tǒng)平板的 16 小時縮短至 12 小時,同時使單菌落測序雜合峰比例保持在 4.35% 的高質(zhì)量水平,與平板培養(yǎng)結(jié)果基本一致。這種技術(shù)突破使環(huán)境中 99% 以上的 "不可培養(yǎng)微生物" 成為可研究對象。利用電潤濕等技術(shù)對液滴進(jìn)行操控,實現(xiàn)了單個細(xì)胞的按需提取與轉(zhuǎn)移。山西液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)
該平臺有助于解析微生物群落中不同物種間的互養(yǎng)共生與競爭抑制關(guān)系。原位培養(yǎng)液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)市場價
在微生物生理學(xué)研究中,液滴培養(yǎng)系統(tǒng)使得在單細(xì)胞水平研究微生物生長和代謝特性成為可能。通過長時間跟蹤單個液滴內(nèi)微生物的生長曲線,可以獲取傳統(tǒng)群體水平測量無法得到的生理參數(shù),如單個細(xì)胞的世代時間分布、細(xì)胞分裂同步性等。利用熒光蛋白標(biāo)記,可以實時觀察細(xì)胞分裂和形態(tài)建成過程。結(jié)合代謝物熒光探針,還能監(jiān)測微生物在液滴內(nèi)的營養(yǎng)攝取和代謝產(chǎn)物積累動態(tài)。這種單細(xì)胞水平的分析揭示了微生物群體中存在的生理異質(zhì)性,對于理解微生物適應(yīng)環(huán)境變化的策略具有重要意義。系統(tǒng)還允許快速改變液滴內(nèi)的培養(yǎng)條件,研究微生物對環(huán)境擾動的瞬時響應(yīng),例如營養(yǎng)饑餓脅迫下的基因表達(dá)重編程。這些研究不僅增進(jìn)了對微生物基本生命過程的理解,也為工業(yè)發(fā)酵過程的優(yōu)化提供了理論基礎(chǔ)。 原位培養(yǎng)液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)市場價
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