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對(duì)于組織樣本等具有復(fù)雜空間結(jié)構(gòu)的生物學(xué)材料,液滴培養(yǎng)組學(xué)技術(shù)可以輔助進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的樣本預(yù)處理與條形碼標(biāo)記。通過將組織消化后獲得的單細(xì)胞或細(xì)胞核懸液與帶有對(duì)應(yīng)空間位置編碼序列的微珠共同封裝在液滴中,在液滴內(nèi)完成mRNA的捕獲并被打上位置標(biāo)簽,從而在后續(xù)的單細(xì)胞測(cè)序中保留細(xì)胞原始的空間位置信息。雖然這只是液滴技術(shù)作為分子生物學(xué)工具的一個(gè)應(yīng)用側(cè)面,但它深刻體現(xiàn)了該技術(shù)在整合細(xì)胞表型與空間位置等多維度信息方面的靈活性與強(qiáng)大潛力。利用熒光信號(hào)實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)每個(gè)液滴,實(shí)現(xiàn)了對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)動(dòng)態(tài)的無創(chuàng)、高通量追蹤。新疆絲狀菌液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)

海洋覆蓋了地球表面的絕大部分,其微生物多樣性是地球上未開發(fā)資源庫(kù)之一,蘊(yùn)含著巨大的應(yīng)用潛力。液滴培養(yǎng)組學(xué)技術(shù)正成為挖掘海洋微生物資源,特別是難以培養(yǎng)的浮游細(xì)菌和古菌的利器。海水中微生物密度相對(duì)較低,但液滴微流控系統(tǒng)的高通量封裝能力恰好可以應(yīng)對(duì)這一挑戰(zhàn),能夠從大體積水樣中有效捕獲稀有的微生物細(xì)胞。針對(duì)深海微生物,系統(tǒng)可以模擬其原生環(huán)境的極端條件,例如在液滴內(nèi)營(yíng)造高壓(通過與高壓腔聯(lián)用)、低溫或高溫、以及黑暗環(huán)境,從而為這些嗜壓菌、嗜冷菌或嗜熱菌的生長(zhǎng)創(chuàng)造條件。對(duì)于具有特殊代謝功能的類群,如能夠降解海洋中難降解有機(jī)物(如幾丁質(zhì)、藻源多糖)的微生物,可以在液滴中以這些物質(zhì)作為碳源進(jìn)行富集培養(yǎng)。更為重要的是,該技術(shù)可用于挖掘那些能夠產(chǎn)生新型生物活性物質(zhì)的海洋微生物,例如抗氧化劑等。通過將微生物培養(yǎng)與報(bào)告系統(tǒng)結(jié)合,例如將指示菌與目標(biāo)微生物共封裝,可以高通量篩選出能產(chǎn)生抑菌活性代謝產(chǎn)物的液滴。液滴的微量化特性使得后續(xù)的代謝組學(xué)分析更為聚焦和高效,可以直接對(duì)陽性液滴進(jìn)行質(zhì)譜分析來鑒定新化合物。這不僅加速了海洋藥物先導(dǎo)化合物的發(fā)現(xiàn),也為我們理解海洋生態(tài)系統(tǒng)的物質(zhì)循環(huán)和能量流動(dòng)提供了微觀層面的實(shí)驗(yàn)證據(jù)。北京自動(dòng)分選液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)利用電潤(rùn)濕等技術(shù)對(duì)液滴進(jìn)行操控,實(shí)現(xiàn)了單個(gè)細(xì)胞的按需提取與轉(zhuǎn)移。

石油烴類污染是嚴(yán)重的環(huán)境問題,利用微生物進(jìn)行生物修復(fù)是一條經(jīng)濟(jì)有效的途徑。液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)為高效篩選和進(jìn)化高性能石油降解微生物菌株提供了強(qiáng)大的技術(shù)平臺(tái)。石油成分復(fù)雜,其降解往往需要多種微生物的協(xié)同作用。液滴系統(tǒng)能夠?qū)⒉煌奈⑸锝M合(如細(xì)菌、藻類)與微量的石油droplets(作為碳源和能源)共同包裹,形成一個(gè)微型的協(xié)同降解反應(yīng)器。通過這種高通量的共培養(yǎng)實(shí)驗(yàn),可以快速鑒定出哪些菌種組合能夠有效地降解特定石油組分(如烷烴、芳烴、瀝青質(zhì))。此外,該系統(tǒng)是進(jìn)行微生物定向進(jìn)化的理想工具。通過在液滴中提供選擇壓力,例如逐漸增加石油污染物的濃度或引入更難降解的組分,只有那些攜帶適應(yīng)性突變或高效降解基因的微生物才能在其中生存和繁殖。經(jīng)過多輪“培養(yǎng)-篩選-再封裝”的循環(huán),可以逐步富集和進(jìn)化出具有強(qiáng)降解能力的突變菌株。液滴的隔離性有效防止了適應(yīng)性突變基因在群體中的擴(kuò)散,確保了正向選擇的有效性。同時(shí),該系統(tǒng)可用于研究降解過程中的微觀機(jī)制,例如通過添加熒光標(biāo)記的底物類似物,可以實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)單個(gè)液滴內(nèi)底物的降解速率。這種基于液滴的高通量功能篩選和進(jìn)化策略。
微生物在應(yīng)對(duì)環(huán)境壓力(如代謝產(chǎn)物、噬菌體、毒性物質(zhì))時(shí),會(huì)進(jìn)化出多樣的適應(yīng)性策略。液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)為在實(shí)驗(yàn)室中實(shí)時(shí)、高通量地研究這種進(jìn)化動(dòng)力學(xué)提供了強(qiáng)大的進(jìn)化實(shí)驗(yàn)平臺(tái)。其基本策略是在液滴中創(chuàng)建強(qiáng)烈的選擇壓力。例如,可以將對(duì)某種代謝產(chǎn)物敏感的微生物群體分散到包含亞抑菌濃度或逐漸升高濃度代謝產(chǎn)物的液滴中進(jìn)行長(zhǎng)期傳代培養(yǎng)。液滴的物理隔離性使得每個(gè)液滴都成為一個(gè)單獨(dú)的進(jìn)化線,避免了抗性基因在群體間的水平基因轉(zhuǎn)移,從而迫使微生物只能依靠自身發(fā)生的隨機(jī)突變來適應(yīng)壓力。經(jīng)過多輪生長(zhǎng)和分選后,可以回收大量進(jìn)化出的抗性菌株。通過比較這些菌株的基因組和表型,可以系統(tǒng)地揭示代謝產(chǎn)物耐藥性的多種進(jìn)化路徑和分子機(jī)制。類似地,該系統(tǒng)可用于研究微生物對(duì)噬菌體的協(xié)同進(jìn)化。將細(xì)菌與噬菌體共同封裝,它們之間的“軍備競(jìng)賽”被限制在液滴內(nèi),可以觀察到細(xì)菌從敏感進(jìn)化出抗性,以及噬菌體相應(yīng)地進(jìn)化出新抗性菌株能力的全過程。這種高通量的并行進(jìn)化實(shí)驗(yàn),能夠生成前所未有的海量進(jìn)化數(shù)據(jù),幫助我們理解微生物適應(yīng)性的遺傳基礎(chǔ)、進(jìn)化重復(fù)性以及復(fù)雜性狀的起源,對(duì)于預(yù)測(cè)病原菌的進(jìn)化、開發(fā)新的策略以及理解生命進(jìn)化的基本規(guī)律具有深遠(yuǎn)意義。 在海洋微生物學(xué)中,該技術(shù)助力開發(fā)了模擬深海條件的原位培養(yǎng)新策略。

在腸道菌群研究領(lǐng)域,液滴微流控技術(shù)為解決微生物“暗物質(zhì)”難題提供了劃時(shí)代的工具。傳統(tǒng)體外培養(yǎng)方法嚴(yán)重依賴人工培養(yǎng)基配方,導(dǎo)致人體腸道中超過80%的微生物物種難以在實(shí)驗(yàn)室條件下生長(zhǎng),這一瓶頸極大地限制了對(duì)腸道菌群功能與機(jī)制的深入探索。液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)通過將單個(gè)微生物細(xì)胞與多樣化的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)共同包裹在微滴中,構(gòu)建了海量的“單細(xì)胞-微環(huán)境”組合。每個(gè)微滴相當(dāng)于一個(gè)超微型的單獨(dú)培養(yǎng)單元,可以并行測(cè)試成千上萬種不同的培養(yǎng)條件,包括特定的碳氮源、生長(zhǎng)因子、信號(hào)分子或抑制劑。這種高通量、低成本的篩選策略,使得研究人員能夠以“撒網(wǎng)”的方式探索不可培養(yǎng)微生物的生長(zhǎng)偏好,從而發(fā)現(xiàn)其生存所需的獨(dú)特營(yíng)養(yǎng)組合或物理化學(xué)信號(hào)。當(dāng)某個(gè)液滴中的微生物成功增殖時(shí),其特定的培養(yǎng)條件信息便與微生物的身份被同步鎖定。通過流式細(xì)胞分選術(shù)或微流控分選技術(shù),這些“被喚醒”的微生物可以被回收,用于后續(xù)的擴(kuò)大培養(yǎng)、基因組測(cè)序或功能驗(yàn)證。該方法不僅極大地拓展了可培養(yǎng)的腸道微生物資源庫(kù),更有助于揭示不同菌株在復(fù)雜群落中的生態(tài)位與相互作用網(wǎng)絡(luò),為理解腸道微生態(tài)在健康與疾病狀態(tài)下的動(dòng)態(tài)變化提供了前所未有的分辨率。 該技術(shù)通過模擬自然生境,為研究未培養(yǎng)微生物的生理功能開辟了新路徑。河北微流控液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)
液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)通過將細(xì)胞包裹在微滴中,實(shí)現(xiàn)高通量的單細(xì)胞培養(yǎng)與分析。新疆絲狀菌液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)
液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)以液滴微流控技術(shù)為關(guān)鍵支撐,通過精密微通道設(shè)計(jì)實(shí)現(xiàn)微生物或細(xì)胞的單顆粒封裝與精確操控,其關(guān)鍵結(jié)構(gòu)包含液滴生成、操控、培養(yǎng)與分析四大模塊。在液滴生成環(huán)節(jié),系統(tǒng)可通過微流控芯片以高達(dá) 20000 Hz 的頻率生成體積均一的皮升 / 微升級(jí)液滴,將單個(gè)微生物或細(xì)胞與培養(yǎng)基共同包裹其中,形成完全隔離的單獨(dú)培養(yǎng)微環(huán)境。培養(yǎng)模塊采用高透氣性聚合物管路作為容器,可提供可控氧分壓環(huán)境并支持長(zhǎng)達(dá) 60 天的長(zhǎng)時(shí)間孵育,同時(shí)避免瓊脂凝固產(chǎn)生的過氧化氫等抑制性物質(zhì)影響。檢測(cè)分析模塊則集成 OD600、多波段熒光及化學(xué)發(fā)光檢測(cè)功能,配合分選單元實(shí)現(xiàn)目標(biāo)液滴的精確篩選與收集,構(gòu)成 "生成 - 培養(yǎng) - 檢測(cè) - 分選" 的完整技術(shù)閉環(huán)。
新疆絲狀菌液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)
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